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FDA监管数据查询

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通过 Python 调用 openFDA 接口查询药品、器械、食品、兽药及物质的监管、召回、安全与上市信息，辅助合规分析与药物安全研究。

FlowIO流式细胞文件处理

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提供流式细胞FCS 2.0-3.1文件的读取、元数据与通道提取，以及 NumPy 数组导出和新文件生成，适合预处理流水线或简单的验证/格式转换需求。

FluidSim 流体仿真框架

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FluidSim 是一个面向周期域的 Python CFD 框架，提供 Navier-Stokes、浅水和分层流等求解器，结合 FFT、MPI、Pythran/Transonic 等高性能技术，内置参数配置、运行与输出分析可视化流程。

基因组区间机器学习

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Geniml 是一个针对 BED 和 scATAC-seq 区间数据的机器学习工具包，提供区域与元数据嵌入、基准宇宙构建、缓存与评估等工具，支持相似性搜索、聚类和下游分析。

统一基因组学命令行

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gget 提供统一的命令行和 Python 接口，可以快速访问 20 多个基因组数据库，获取基因信息、BLAST 比对、AlphaFold 结构及富集分析结果，适合交互式探索和简单查询。

Gtars基因组分析工具

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Gtars 是一个高性能 Rust 工具包，配套 Python 绑定，用于基因组区间分析，涵盖重叠检测、覆盖曲线生成、机器学习 token 化、片段打分与参考序列管理等计算基因组学场景。

Histolab 组织切片处理

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Histolab 在 Python 中自动检测组织、提取瓦片并标准化染色，帮助快速完成 WSI 数据集预处理与分析，适合轻量级流程，复杂空间蛋白组学等可转向 pathml。

KEGG REST 工具集

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提供 KEGG REST API 的 Python 工具，涵盖数据库信息、列表、检索、搜索、ID 转换、关联与药物交互，帮助完成通路与基因组分析。

Latch生物信息工作流

latchbio-integration

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LatchBio Integration 支持用 Python 装饰器构建无服务器生物信息工作流，结合 LatchFile/LatchDir 数据管理、资源调优与 Nextflow/Snakemake 集成，推进生产化流程。

文档转Markdown工具

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MarkItDown 将 PDF、Office 文档、图片、音频、HTML、CSV/JSON/XML、压缩包、YouTube 等内容转换为结构化 Markdown，提供 OCR、语音转写和 AI 图像描述等功能，便于 LLM 或文档流程使用。

质谱谱图匹配

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matchms 是一套开源 Python 质谱分析库，可导入多格式谱图、统一元数据、过滤和标准化峰值、计算相似度并构建可复现流程，便于代谢物鉴定与谱库搜索。

Matplotlib 可视化指南

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Matplotlib 是 Python 的基础绘图库，提供 pyplot 与面向对象接口，可精细控制线型、色彩、多子图与导出格式，适用于科研报表、交互笔记本与桌面界面可视化输出。

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