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搜索 Python ，共找到 834 条记录
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Pymoo 多目标优化框架

pymoo
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358
Pymoo 是一个 Python 单目标与多目标优化框架，提供 NSGA-II/III、MOEA/D、SPEA2 等算法，支持约束处理、ZDT/DTLZ 基准测试、Pareto 前沿分析与可视化，适用于工程设计等优化问题。
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PyOpenMS 质谱分析

pyopenms
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387
PyOpenMS 提供 OpenMS 库的 Python 接口，用于蛋白质组学和代谢组学的质谱数据分析。支持特征检测、肽段与蛋白质鉴定、无标记与同量异序定量、加合物与精确质量注释，并内置即用脚本，覆盖常见 LC-MS/MS 工作流。
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Python基因组文件处理

pysam
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146
Python基因组文件处理库，支持读取、查询、过滤和写入SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA/FASTQ等格式，提供pileup、覆盖度分析、索引和CRAM参考操作功能。适用于需要低级别流式访问基因组数据的生物信息学工作流。
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PyTDC 治疗机器学习工具包

pytdc
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194
PyTDC 用于发现治疗机器学习任务、访问批准数据集、任务感知数据分割、评估指标、基准组和工作流。专为生物医学研究和药物发现应用设计，支持 Python 环境。
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Pyzotero 文献库自动化管理

pyzotero
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377
使用 pyzotero Python 客户端和 Zotero Web API v3 以编程方式管理 Zotero 文献库。可检索、新建、更新和删除条目、集合、标签与附件，支持库内搜索及 BibTeX、CSL-JSON 等引文导出，适用于文献管理与科研自动化流程。
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Qiskit 量子电路开发

qiskit
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414
Qiskit 是一个用于构建、模拟和执行量子电路的 Python 框架。它支持本地模拟、噪声模拟以及 IBM 量子硬件执行。用户可利用 V2 原语（如 Sampler 和 Estimator）进行变分算法和量子机器学习任务。
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RDKit 化学信息学工具包

rdkit
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257
基于 Python 的化学信息学工具包，提供分子精细控制能力：SMILES/SDF 解析、分子描述符（分子量、LogP、TPSA）、指纹、子结构检索、2D/3D 坐标生成、相似性计算、化学反应与可视化，适用于药物发现与计算化学研究。
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Scanpy 单细胞分析工具

scanpy
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257
Scanpy 是一个可扩展的 Python 工具包，用于单细胞 RNA 测序数据分析。涵盖质量控制、标准化、降维、聚类和可视化。支持将 R 格式转换为 h5ad，并提供现成的 CLI 脚本实现端到端工作流，适用于探索性分析和高质量绘图。
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scikit-bio 生物信息学工具包

scikit-bio
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183
用于生物数据分析的 Python 工具包，支持生物序列读写与操作、成对及多序列比对、系统发育树构建、α/β 多样性与 UniFrac 距离、PCoA 排序分析、PERMANOVA 等统计检验，以及 FASTA/Newick/BIOM 格式读写，广泛用于微生物组与群落生态研究。
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Scikit-learn 机器学习

scikit-learn
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485
提供使用 scikit-learn 进行机器学习的全面指南，涵盖分类、回归、聚类、预处理、模型评估和流水线构建，适用于构建生产级机器学习工作流。
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scVelo RNA速率分析

scvelo
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360
scVelo 是用于单细胞 RNA 测序的 RNA 速率分析 Python 包，通过未剪接/剪接 mRNA 动力学估计细胞状态转变，推断轨迹方向，计算潜在时间并识别驱动基因，揭示细胞命运决定。
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单细胞基因组深度学习工具

scvi-tools
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426
scvi-tools 是一个全面的 Python 框架，用于单细胞基因组学中的概率深度学习模型。基于 PyTorch 和 PyTorch Lightning 构建，支持批次校正、迁移学习、带不确定性的差异表达分析和多模态数据整合。适用于单细胞 RNA-seq、ATAC-seq、CITE-seq、空间转录组学及甲基化、流式细胞术等专用模态的高级建模分析。
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