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生物信息学:多数据库统一接口
bioservices
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
285
这是一个全面的Python库,提供了对40多个生物信息学数据库(如UniProt, KEGG, ChEMBL等)的编程访问接口。适用于复杂的生物学工作流,包括跨数据库ID映射、代谢通路分析、蛋白质序列检索和序列相似性搜索等,实现数据整合和自动化分析。
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量子电路模拟与编程框架
cirq
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
476
Cirq是Google Quantum AI开发的开源Python框架,用于设计、模拟和运行量子电路。它支持多种硬件后端,并提供了完整的噪声模型、电路优化和参数化实验功能,是进行NISQ设备开发和高级量子计算研究的理想工具。
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约束代谢模型分析
cobrapy
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
384
COBRApy是一个强大的Python库,用于进行基于约束的代谢模型分析。它支持加载、操作和优化生物体代谢模型(如SBML格式)。核心功能包括通量平衡分析(FBA)、通量变异分析(FVA)和基因/反应敲除模拟,是系统生物学和代谢工程领域不可或缺的分析工具。
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分布式大数据计算框架
dask
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Dask是一个强大的Python库,用于处理超出内存限制或需要跨多机并行计算的大型数据集。它可以扩展传统的pandas和NumPy操作(DataFrame/Array),并处理非结构化数据(Bags)。适用于大规模数据抽取、转换、加载(ETL)、数据分析和分布式机器学习任务。
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Datamol:分子化学信息学工具库
datamol
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Datamol是一个基于RDKit的高级Python封装层,专为计算化学和药物发现设计。它简化了复杂的分子操作,提供智能默认值来处理SMILES标准化、描述符计算、指纹图生成、三维构象分析和分子聚类等任务。该库支持高效的并行计算和云存储I/O,非常适合处理大规模的化学数据集。
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DeepChem:分子机器学习平台
deepchem
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DeepChem是一个全面的Python库,专用于将机器学习应用于化学、材料科学和生物学领域。它支持分子属性预测(如ADMET、溶解度、毒性)、药物发现和材料设计。通过提供多种分子特征化方法和先进的图神经网络(GNN)以及预训练模型,该工具帮助用户处理SMILES等复杂化学数据集,进行深入的科学建模研究。
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DNAnexus基因组工作流管理
dnanexus-integration
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该技能提供了一套全面的解决方案,用于构建、运行和自动化复杂的、可复现的基因组学工作流程。它深度集成了`dx`命令行工具、`dxpy` Python SDK以及Nextflow等主流工作流语言。适用于大型生物计算任务的数据传输、作业监控、项目自动化以及确保安全高效的流程执行。
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系统发育树分析与可视化
etetoolkit
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ETE Toolkit是一个用于分析、操作、比较和可视化系统发育树的Python工具包。它支持Newick/Nexus格式的读写,可用于进行拓扑结构编辑、计算系统发育距离(如Robinson-Foulds),分析谱系事件,并查询NCBI/GTDB等分类学数据库。核心用途是处理和分析已构建的树状图,不用于从原始序列推断树。
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GeoPandas地理空间矢量数据处理
geopandas
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本指南是使用GeoPandas进行高级地理空间矢量数据处理的专业手册。它侧重于平面矢量数据的工作流,强调数据溯源、坐标参考系统(CRS)管理和复杂空间操作。详细阐述了处理敏感地理信息时必须遵循的安全和正确性规范,确保开发流程的科学性和可复现性。
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生物信息学数据库查询工具
gget
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gget是一个综合性的命令行和Python工具包,提供对20多个生物信息学数据库的统一访问。它支持基因组学、蛋白质组学和疾病关联等多个领域的深度分析。功能包括基因信息查询、序列比对、结构预测(如AlphaFold)和富集分析,适用于生物信息学科研和自动化流程。
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Gtars:基因组区间处理工具包
gtars
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Gtars是一个强大的工具包,提供基于Rust和Python绑定的基因组区间处理能力。它支持集合代数、覆盖度计算、分词和片段处理等核心生物信息学任务。该库强调数据完整性,通过强制执行严格的基因组数据契约,确保在复杂的计算流程中正确处理坐标、组装信息和参考序列。
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数字病理全玻片图像分析
histolab
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Histolab是一个专门用于数字病理学的Python库。它能自动化处理全玻片图像(WSI),实现复杂的组织检测、可定制的切片提取(包括随机、网格、评分机制)和染色标准化。适用于构建高质量、结构化的数据集,用于深度学习模型训练和全面的定量分析。
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