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Arboreto基因调控网络

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Arboreto利用GRNBoost2/GENIE3从批量或单细胞RNA-seq表达数据中推理转录因子与靶基因调控关系，支持TF筛选与Dask分布式运行，输出排序链接供后续分析。

Benchling 实验室集成套件

benchling-integration

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通过 Benchling SDK/REST 管理 DNA/RNA/蛋白等注册实体、库存、ELN、流程与数据仓库查询，实现实验室数据同步与自动化。

ChEMBL 生物活性查询

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通过 ChEMBL Python 客户端访问化合物、靶点、活性与药物数据，按结构/性质/活性过滤，支撑抑制剂发现与 SAR 分析。

Cirq 量子计算工具

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Cirq 是 Google Quantum AI 的 Python 框架，用于构建、模拟与运行考虑噪声的量子电路，涵盖电路变换、仿真、实验模板和硬件整合流程，适合面向真实量子设备的开发。

临床决策支持文档

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为医药与临床研究生成出版级临床决策支持文档，涵盖生物标志物分层队列分析、证据分级治疗建议、统计对比及符合监管要求的 LaTeX/PDF 输出。

临床报告撰写助手

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涵盖病例、诊断、试验与患者记录等各类临床报告的撰写需求，确保遵循CARE/ICH-GCP规范及HIPAA隐私要求，并在每份文档中生成 AI 科学示意图提升可视化。

临床试验数据库查询

clinicaltrials-database

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通过 ClinicalTrials.gov API v2 按疾病、药物、地点、赞助商或状态查询试验，按 NCT 编号提取详细数据并导出用于研究分析、患者匹配或试验监控。

Datamol化学信息工具

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Datamol 提供 rdkit 的 Python 化封装，简化 SMILES/SELFIES/InChI 解析、结构标准化、分子描述符/指纹、聚类、3D 构象、并行批处理及云存储读写等药物发现流程，并保持与 rdkit.Chem.Mol 对象的兼容性。

扩散分子对接位点预测

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DiffDock 采用扩散深度学习预测蛋白-小分子结合构象与置信度，支持单个或批量虚拟筛选，辅助结构基础药物设计。

EDGAR 数据提取器

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基于 Python 的库，访问并解析 SEC EDGAR 报送文件，提取 XBRL 财务表、Form4、13F 等结构化数据，支持 10-K/10-Q/8-K/DEF14A 等多种申报分析与公司筛选。

科学数据探索分析

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自动识别 200+ 科学数据格式，提取元数据、评估数据质量、推荐可视化方案，并生成 Markdown 报告，帮助科研人员在后续分析前全面把握数据结构与特征。

FDA监管数据查询

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通过 Python 调用 openFDA 接口查询药品、器械、食品、兽药及物质的监管、召回、安全与上市信息，辅助合规分析与药物安全研究。

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