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Latch 生物信息工作流

latchbio-integration
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
59
LatchBio Integration 提供 Python 为核心的服务器化生物信息流程构建与部署能力，涵盖装饰器任务、LatchFile/Dir 云存储、GPU 资源调优，以及与 Nextflow/Snakemake 等管道的互通，适合 RNA-seq、AlphaFold 等分析场景。
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AI 代理技能管理

manage-skills
rohitg00/awesome-claude-code-toolkit
496
通过命令行统一管理 Cursor、Claude 等 11 个工具的技能与规则，支持创建、复制、移动、启用/禁用、搜索、跨工具转换以及全局与项目作用域覆盖操作。
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Markdown与Mermaid文档规范

markdown-mermaid-writing
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
154
将 Markdown 与 Mermaid 设为科研与技术文档的默认格式，涵盖 24 种图表参考与 9 个模板，确保报告、分析或说明既可版本控制，又可直接渲染。
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MarkItDown 文档转 Markdown

markitdown
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
407
MarkItDown 将 PDF、Office、HTML、JSON、XML、ZIP、图片（带 OCR）和音频（语音转写）等多种格式统一转为结构化 Markdown，便于与大模型或文档流程协作。
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MATLAB/Octave 科学计算指南

matlab
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
111
提供 MATLAB 与 GNU Octave 的矩阵计算、数据导入导出、图形绘制、统计分析、信号与微分方程等科学计算指导，适用于编写、调试或在两个解释器间转换脚本。
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Matplotlib 可视化指南

matplotlib
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
194
指导如何用Matplotlib绘制静态、动画与交互图形，掌握pyplot与面向对象接口、样式配置、多面板布局及导出出版级图像，适合科研或统计可视化需求。
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医药化学筛选工具

medchem
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
382
Medchem 是面向药物发现的 Python 库，提供药性规则、结构警报、官能团检测、标准目录、复杂度评估与自定义约束，帮助批量筛选化合物库并优先挑选候选分子。
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网络图分析工具包

networkx
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
325
Python工具包,用于构建、分析和可视化复杂网络,提供算法、读写、生成及社区检测能力,适用于社交、生物、交通、引文等实体关系场景。
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OMERO显微镜数据集成

omero-integration
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
298
通过 OMERO Python API 管理显微镜数据：访问项目/数据集/图像、分析像素、运维 ROI 与注释、保存表格结果，并支持高内涵筛选的批处理自动化流程。
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Opentrons协议自动化集成

opentrons-integration
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
421
提供官方 Opentrons Protocol API v2 接口，支持在 OT-2 与 Flex 机器人上编写 Python 协议，自动化液体处理、模块控制、上样板配置与复杂移液流程，并在执行前模拟测试。
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Python GPU 优化指南

optimize-for-gpu
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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通过 CuPy、Numba CUDA、Warp 及 cuDF/cuML/cuGraph 等 NVIDIA 工具链，将 NumPy、pandas、机器学习、图算法、图像处理、模拟与 IO 等 Python 代码迁移到 GPU，显著提升性能，适用于大规模数据与复杂计算场景。
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Polars 高速数据框架

polars
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Polars 是基于 Apache Arrow 的高速内存数据框库，可替代 pandas 处理 1-100GB 级数据，提供表达式 API、惰性查询、并行计算及丰富的 I/O，适合 ETL 与数据管道场景。
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