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Cirq 量子计算框架
cirq
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
110
Cirq 是 Google 开源的量子计算框架,用于设计、模拟和运行量子电路。支持 NISQ 电路、噪声建模及与 Google 量子 AI 等硬件集成。适用于基于 Python 的量子电路开发与优化。
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ESM 蛋白质生成 SDK
esm
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
67
Biohub ESM SDK 用于蛋白质生成、ESMC 嵌入和 ESMFold2 全原子折叠。支持本地模型推理和托管客户端,用于蛋白质序列补全、结构预测和嵌入提取。需要 Python 3.12+ 和隔离环境配置。
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分子特征化工具库
molfeat
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
364
统一的分子特征化 Python 库,集成 100 多种特征化器与预训练嵌入模型,可将 SMILES 或 RDKit 分子转换为适用于机器学习的数值特征,用于 QSAR 建模、虚拟筛选、相似性搜索和深度学习。
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PufferLib强化学习环境框架
pufferlib
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
56
PufferLib强化学习环境版本管理指南,支持向量化、策略、PuffeRL训练、评估和安全的检查点审查。适配Gymnasium/PettingZoo环境至PufferLib 3.0.0或原生4.0源码。包含CPU-only、无网络工具的安全默认设置,支持严格JSON输出和依赖自由的捆绑CLI工具。
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PyTDC 治疗机器学习工具包
pytdc
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
194
PyTDC 用于发现治疗机器学习任务、访问批准数据集、任务感知数据分割、评估指标、基准组和工作流。专为生物医学研究和药物发现应用设计,支持 Python 环境。
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Scikit-learn 机器学习
scikit-learn
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
485
提供使用 scikit-learn 进行机器学习的全面指南,涵盖分类、回归、聚类、预处理、模型评估和流水线构建,适用于构建生产级机器学习工作流。
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单细胞基因组深度学习工具
scvi-tools
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
426
scvi-tools 是一个全面的 Python 框架,用于单细胞基因组学中的概率深度学习模型。基于 PyTorch 和 PyTorch Lightning 构建,支持批次校正、迁移学习、带不确定性的差异表达分析和多模态数据整合。适用于单细胞 RNA-seq、ATAC-seq、CITE-seq、空间转录组学及甲基化、流式细胞术等专用模态的高级建模分析。
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强化学习算法库
stable-baselines3
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
203
生产级强化学习库,提供 PPO、SAC、DQN、TD3、DDPG、A2C 等算法。用于训练 RL 智能体、创建自定义环境、实现回调函数和优化训练工作流。适用于 Gymnasium 环境的单智能体强化学习。需要 Python 3.10+ 和 PyTorch >= 2.3。
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TorchDrug 分子图学习工作流
torchdrug
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
232
TorchDrug 是用于图学习的模块化 PyTorch 库,支持分子属性预测、分子生成和知识图谱推理等任务。提供数据集、模型和训练引擎,用于构建计算化学和生物学工作流。使用前需确保 PyTorch 1.8-2.0 及 Python 3.7-3.10 兼容性。
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Transformer 模型加载与微调
transformers
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
134
使用 Hugging Face Transformers 库加载 Hub 预训练模型,通过 Pipeline 快速推理、文本生成,并用 Trainer API 微调模型,覆盖自然语言处理、计算机视觉、音频与多模态任务。
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Anthropic流式与批量处理工作流
anth-core-workflow-b
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
75
本指南教授如何构建基于Anthropic API的高级工作流。它涵盖了两种核心模式:一是用于交互式UI的实时流式传输(SSE事件),二是消息批量API(Message Batches),可实现异步、成本更低的超大规模数据批处理。提供了Python和TypeScript的代码示例。
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Anthropic Claude SDK 安装与配置
clade-install-auth
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
254
本指南提供了详细的步骤,指导用户如何在 Python 和 Node.js 环境中安装和配置 Anthropic SDK。它详细说明了如何安全地使用环境变量配置API密钥,是所有需要接入Claude模型进行开发项目的必备指南。
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