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OMERO显微镜图像数据分析平台

omero-integration
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本技能为OMERO（开源显微镜数据管理平台）提供了全面的Python集成，用于管理、可视化和分析复杂的显微图像数据。支持通过代码访问图像、检索数据集、管理感兴趣区域（ROIs）和注释，执行深层像素分析，并为高通量筛选和生物成像工作流进行批处理。
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计算病理学分析工具包

pathml
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PathML是一个全面的Python工具包，用于先进的计算病理学工作流。它支持从160多种专有格式加载全玻片图像（WSI），并提供图像预处理（染色归一化、组织检测）、构建空间细胞/组织图谱以及训练深度学习模型（如HoVer-Net）的能力。尤其适用于分析CODEX和Vectra等多参数免疫荧光数据。
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系统发生树构建与分析工具包

phylogenetics
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本工具包提供完整的系统发生学分析流程，涵盖序列比对、数据精修和树状图构建。集成了MAFFT进行多序列比对，IQ-TREE 2和FastTree进行最大似然树推断。适用于分子基因组学、病毒进化追踪、蛋白质家族分析和分子时钟研究等领域，实现自动化生物信息学分析。
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精准医疗知识图谱查询

primekg
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PrimeKG是一个集成超过20个数据库的综合知识图谱，用于绘制复杂的生物关系。它可以查询包括基因、药物、疾病和表型在内的多尺度数据，是进行药物发现、寻找药物重定位机会以及进行网络药理学研究的强大工具。
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DICOM医学影像处理工具

pydicom
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用于处理DICOM医学影像文件，支持读取、写入和修改医学图像数据。功能包括提取CT、MRI等各类医学扫描的像素数据，管理复杂的元数据标签，处理数据压缩，执行患者数据匿名化，并能将医学图像转换为标准格式，适用于医疗影像分析和PACS系统集成。
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Python材料科学工具包

pymatgen
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Pymatgen是一个专业的Python计算材料科学工具包。它用于创建、操作和分析晶体结构、分子系统。核心功能涵盖相图计算、电子结构分析（态密度、能带隙）、空间群对称性分析、超晶胞生成，并可与Materials Project数据库无缝集成。支持超过100种文件格式。
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单细胞RNA测序分析流程

scanpy
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该技能提供了一个完整的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析流程。它指导用户完成从数据质量控制、归一化、降维（PCA/UMAP/t-SNE），到细胞聚类和标记基因识别等所有关键步骤，是进行生物学探索性研究和生成高质量图表的必备工具。
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科研论文图表可视化

scientific-visualization
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专业的科研论文图表可视化工具，用于生成符合顶级期刊要求的图表。它指导用户创建复杂的多面板图表，并强制执行色盲友好的配色、正确的导出格式（如PDF/EPS）以及符合出版标准的排版细节。
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Seaborn 统计绘图分析工具

seaborn
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Seaborn是一个功能强大的Python统计绘图库，专为创建出版级别的统计图形而设计。它与pandas数据框深度集成，使用户能够轻松可视化复杂的统计关系、分布和比较（例如箱线图、小提琴图和热力图）。它极大地简化了多元分析和探索性数据分析过程。
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SHAP：模型可解释性与可理解性

shap
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SHAP（Shapley Additive exPlanations）提供基于Shapley值的统一框架，用于深度解释复杂的机器学习模型预测。它可以计算每个特征对模型输出的贡献度，帮助用户理解模型做出判断的依据。本技能支持生成瀑布图、特征重要性热力图等可视化结果，适用于模型可解释性、调试和公平性分析，支持各类模型。
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ClickHouse数据分析与查询

clickhouse-core-workflow-b
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本技能提供了一套完整的ClickHouse数据处理工作流。它涵盖了高效的批量数据插入、高级分析查询（如漏斗分析、留存分析），以及使用物化视图进行数据预聚合。用户可利用此技能构建高性能的OLAP仪表板和执行大规模数据转换。
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专业财务报告生成器

alphaear-reporter
RKiding/Awesome-finance-skills
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本技能提供了一个完整的专业财务报告自动化生成工作流。它指导用户完成报告的规划、撰写和编辑等步骤，并支持生成所需的图表配置。适用于将复杂的财务分析浓缩成结构清晰、可操作的专业报告。
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