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开源研究笔记本平台

open-notebook
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
199
自托管开源的研究笔记平台，可替代 Google NotebookLM。支持导入 PDF、视频、音频、网页与 Office 文档，生成 AI 笔记与摘要、制作多说话人播客、与文档对话，并进行全文与向量检索，兼容 16 种以上 AI 提供商。
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Opentrons 实验协议开发

opentrons-integration
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389
面向 Opentrons Flex 与 OT-2 机器人，编写、审查、仿真并排查 Python Protocol API v2 实验协议，涵盖甲板与耗材配置、移液器、模块、运行时参数、液体处理及安全上机部署。
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Python GPU 加速优化

optimize-for-gpu
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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利用 NVIDIA GPU 和 CUDA 加速科学 Python 代码。优化 NumPy、pandas、scikit-learn 等库的 GPU 执行性能。包含性能分析、内存管理和内核优化，确保结果正确并提升速度。
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PathML 计算病理学工作流

pathml
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359
使用 PathML 在本地开展计算病理学研究：加载与切分全切片图像、构建预处理与质控流水线、管理 h5path 数据、量化多重免疫荧光图像、构建空间图并规划有界的模型推理。
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同行评审稿件评估

peer-review
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336
协助授权审稿人准备有证据边界、建设性的同行评审草稿和结构化稿件评估。支持报告指南选择、主张-证据核查、方法、统计、可重复性和伦理审查，并强调保密与人类责任。
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PennyLane 量子机器学习框架

pennylane
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硬件无关的量子机器学习框架，支持自动微分，可用于训练量子电路、构建量子-经典混合模型，并兼容 IBM、Google、Rigetti、IonQ 及本地模拟器。
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系统发育树构建与分析

phylogenetics
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249
本技能用于构建和分析系统发育树，涵盖 MAFFT 序列比对、IQ-TREE 2 最大似然树推断及 FastTree 快速分析。适用于进化关系研究、微生物基因组学、病毒传播动力学及分子钟分析。通过 ETE3 等工具可视化，帮助推断祖先序列、检测水平基因转移及确定物种分化时间。
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Polars 高性能数据框库

polars
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基于 Apache Arrow 的高性能 Python 数据框库。涵盖表达式式 API、惰性查询优化、流式外存处理、聚合与窗口函数、连接操作及 pandas 迁移，适用于 ETL 与数据分析流程。
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Polars Bio 基因组区间分析工具

polars-bio
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基于 Polars 的高性能基因组区间运算与生物信息文件读写库，支持 overlap、nearest、merge、coverage、complement、subtract 等操作，以及 BED/VCF/BAM/GFF 等格式读写，支持流式与云存储，是 bioframe 的快速替代方案。
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PPTX 科研海报生成与审核

pptx-posters
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从作者批准的本地内容与素材生成并审核可编辑的科研/会议海报，输出无宏的 PowerPoint (.pptx) 文件，执行来源可追溯、无障碍、DPI 与印刷就绪等严格校验。
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PrimeKG 知识图谱查询

primekg
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查询 PrimeKG 精准医学知识图谱，检索基因、药物、疾病和表型节点，获取邻居关联，分析疾病上下文，并探索药物重定位路径。
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Protocols.io 协议数据集成

protocolsio-integration
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读取、校验并安全导出 protocols.io 协议数据，支持官方 REST 接口与非执行式变更计划。内置 Python 客户端仅在显式 --execute 时发起受限的官方主机 GET 请求，默认离线运行。
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