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科学论文结构化数据搜索
bgpt-paper-search
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
470
本工具适用于系统性文献综述和元分析。它能够搜索科学论文,并从全文中提取高度结构化的实验数据,远超传统摘要的限制。可获取包括方法、定量结果、样本量、质量得分和结论在内的25个以上字段,实现全面的证据综合。
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约束代谢模型分析
cobrapy
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
319
COBRApy是一个强大的Python库,用于进行基于约束的代谢模型分析。它支持加载、操作和优化生物体代谢模型(如SBML格式)。核心功能包括通量平衡分析(FBA)、通量变异分析(FVA)和基因/反应敲除模拟,是系统生物学和代谢工程领域不可或缺的分析工具。
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癌症依赖图谱分析工具
depmap
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
125
该工具提供癌症依赖图谱(DepMap)数据接口,基于全基因组CRISPR筛选、RNAi和化合物敏感性实验。可用于查询基因的依赖性评分,识别特定于癌症的脆弱点,预测合成致死作用,并验证肿瘤学药物靶点。
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综合科学数据探索分析
exploratory-data-analysis
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
431
这是一个用于进行全面的科学数据探索性分析(EDA)的工具。它可以处理超过200种科学数据格式,涵盖生物信息学、化学、显微镜和光谱学等多个领域。它能自动识别文件类型,评估数据质量,并生成详细的markdown报告,帮助用户理解复杂科学数据集的结构和适用分析方法。
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基因组数据查询与分析工具
gget
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
224
gget是一个强大的生物信息学工具包,提供统一的接口访问超过20个基因组数据库。它支持基因搜索、检索参考基因组、获取序列数据和进行BLAST比对等高级功能。适用于基因组学研究人员进行基因组数据的快速查询、初步分析和交互式探索。
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基于LLM的假设生成与测试
hypogenic
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
441
Hypogenic是一个用于加速科学发现的框架,它能自动化地在复杂表格数据集上生成和测试假设。该工具支持数据驱动(HypoGeniC)、文献深度整合(HypoRefine)以及两者结合(Union)三种模式。适用于需要系统性探索多个理论和模式的领域,如欺骗检测、内容分析和预测建模,极大地提升了科研效率。
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药物化学化合物筛选工具
medchem
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
357
这是一个用于药物发现领域的专业工具,提供全面的药物化学过滤功能。它能够基于药代动力学(如Lipinski规则)、结构警报(如PAINS, NIBR)和分子复杂性等多个维度,对化合物库进行高效筛选和优先级排序,帮助研究人员从大量化合物中筛选出有前景的候选药物。
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分子特征化库用于机器学习
molfeat
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Molfeat是一个全面的Python库,用于将化学结构(如SMILES字符串)转换为数值特征向量。它集成了超过100种预训练和手工设计的分子特征提取器(如ECFP, MACCS, ChemBERTa)。本工具是构建QSAR模型、进行虚拟筛选、相似性搜索以及在分子数据集上训练深度学习模型的关键辅助工具。
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神经像素高密度记录分析
neuropixels-analysis
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
167
这是一个用于分析神经像素高密度神经记录的端到端工具箱,覆盖了完整的电生理学工作流程。功能包括加载多种数据格式、预处理、漂移/运动校正、高级尖峰排序(如Kilosort4)以及单元精修(包括AI辅助)。适用于处理多节、高通道数的神经数据分析。
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计算病理学分析工具包
pathml
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
273
PathML是一个全面的Python工具包,用于先进的计算病理学工作流。它支持从160多种专有格式加载全玻片图像(WSI),并提供图像预处理(染色归一化、组织检测)、构建空间细胞/组织图谱以及训练深度学习模型(如HoVer-Net)的能力。尤其适用于分析CODEX和Vectra等多参数免疫荧光数据。
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Python基因组数据分析工具包
pysam
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Pysam是一个功能强大的Python模块,专门用于读取、操作和写入核心的基因组数据文件格式。它提供了到htslib的Python接口,支持处理比对文件(BAM/CRAM)、变异文件(VCF/BCF)和参考序列(FASTA/FASTQ)。该工具适用于实现复杂的生物信息学流程、计算覆盖度和进行变异体注释,是生物数据分析的必备工具。
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PyTDC:药物发现机器学习数据集
pytdc
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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PyTDC是一个开放科学平台,专门为药物发现和治疗领域提供标准化、可直接用于AI训练的权威数据集和基准。它支持单实例预测(如ADME、毒性)、多实例预测(药物-靶点相互作用DTI)以及分子生成等多种核心任务,是药物机器学习模型开发和性能评估的必备工具。
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