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临床深度学习流程工具

pyhealth
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
130
PyHealth是一个用于临床深度学习的Python工具包，旨在处理电子病历（EHR）、生理信号和医学影像等多模态数据。它基于稳定的五阶段流水线（数据集→任务→模型→训练器→指标），支持用户在医疗领域执行复杂的预测任务，例如预测死亡率、推荐药物、睡眠分期，以及进行ICD/ATC等医疗代码交叉映射。
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PyTDC：药物发现AI数据集

pytdc
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
438
PyTDC（治疗性数据中心）是一个开放科学平台，为药物研发和开发流程提供完整的、可用于AI训练的数据集和基准测试。它支持单实例预测（如ADME、毒性）、多实例预测（DTI、DDI）以及分子生成等任务，是进行生物医学属性预测和模型性能评估的理想工具。
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生物信息学数据分析工具

scikit-bio
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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这是一个全面的Python生物信息学工具包，用于处理和分析生物学数据。核心功能包括DNA/RNA/蛋白质序列操作、配对和多重序列比对、构建和分析系统发育树，以及计算Alpha/Beta多样性等生态学指标。适用于微生物组学分析、进化学研究和各种生物数据处理，支持FASTA、Newick等标准格式。
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单细胞RNA速度轨迹分析

scvelo
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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scVelo是一个用于单细胞RNA测序数据的RNA速度分析工具包。它通过建模mRNA剪接的动力学过程（利用未剪接与剪接mRNA的丰度比值），来推断细胞群体的状态转变和发育轨迹。该方法无需时间序列数据，即可预测细胞命运，是生物信息学和发育生物学研究中的关键工具。
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标注数据管理工具

annotation-data
SharpAI/DeepCamera
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本工具用于管理和处理标注数据集，提供完整的CRUD（创建、读取、更新、删除）功能，支持标签管理和数据导出。核心功能包括支持COCO格式导出和Kaggle平台上传，旨在简化AI模型开发的数据处理流程，提升效率。
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机器学习实验队列编排

experiment-queue
wanshuiyin/Auto-claude-code-research-in-sleep
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这是一个用于在远程GPU服务器上编排大规模、多阶段机器学习实验的鲁棒调度器。它能够管理复杂的任务流，如多种子网格搜索、波次任务切换和序列化工作流（如师生模型知识蒸馏）。该工具具备OOM错误重试、清理悬挂屏幕和防止任务并发冲突等核心功能，适用于无法通过基础任务调度完成的复杂批处理场景。
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Hex项目编排与数据流水线

hex-core-workflow-a
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
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本技能提供了将Hex项目集成到外部数据管道的核心机制。它允许用户通过API从外部工具（如Airflow、Dagster）程序化地触发、监控和管理Hex项目。用户可以实现参数化运行、执行多步骤的ETL工作流，并处理状态轮询和错误管理，适用于生产环境的数据编排。
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AlphaXiv单篇论文摘要查找

alphaxiv
wanshuiyin/Auto-claude-code-research-in-sleep
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基于AlphaXiv，通过输入arXiv ID或URL，提供单篇学术论文的快速、LLM优化的摘要。该工具采用分层级回退机制，从结构化概览，到完整Markdown，甚至可深入源代码，帮助用户高效掌握某一特定论文的核心内容。
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进阶AI数据集标注工具

dataset-annotation
SharpAI/DeepCamera
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这是一个用于创建高质量训练数据集的综合工具。它支持多种先进的标注方法，包括边界框绘制、SAM2像素级分割和DINOv3视觉定位等。系统集成了AI自动检测和目标跟踪功能，并将数据导出为标准的COCO格式，极大地优化了整个数据集构建流程。
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Hex调试诊断证据包

hex-debug-bundle
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
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用于收集Hex平台全面的诊断证据，包括API连接状态、项目列表、运行历史、数据连接健康度以及速率限制信息。当遇到长期故障、准备提交技术支持工单，或需要深入排查复杂的数据流问题时，应使用此工具生成诊断包。
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癌症影像数据查询与下载

imaging-data-commons
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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本技能使用idc-index程序包，连接国家癌症研究所（NCI）影像数据共享中心（IDC）。可用于查询、下载和可视化大规模公共数据集，涵盖CT、MR、PET等放射学图像和病理学切片。是进行AI模型训练和深度医学研究的强大工具。
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KubeSphere Volcano作业编排

kubesphere-volcano
kubesphere/kubesphere
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这是一个用于KubeSphere环境下的Volcano作业管理工具。它支持用户管理整个作业的生命周期，包括创建、列表、更新和删除Job。特别适用于深度学习（PyTorch/TensorFlow）、MPI以及通用批处理任务的调度和故障排除，提供详细的API操作指南。
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