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Arboreto基因调控网络

arboreto
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139
Arboreto利用GRNBoost2/GENIE3从批量或单细胞RNA-seq表达数据中推理转录因子与靶基因调控关系，支持TF筛选与Dask分布式运行，输出排序链接供后续分析。
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天文数据分析库

astropy
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188
Astropy 是面向科研的 Python 库，用于处理带单位的物理量、天球坐标、FITS 文件、宇宙学模型、精确时间体系以及表格数据，方便对观测与模拟的天文信息进行转换与分析。
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BGPT结构化论文检索

bgpt-paper-search
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438
BGPT论文检索通过远程MCP服务，从全文提取实验数据和方法、量化结果、样本与质量评分，便于进行系统综述、证据整理和元分析准备。
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bioRxiv 预印本搜索

biorxiv-database
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345
通过关键词、作者、日期和类别筛选 bioRxiv 预印本，输出结构化 JSON 元数据并可下载 PDF，便于文献综述与研究趋势追踪。
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生物服务跨库查询

bioservices
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119
BioServices 提供统一 Python 接口，调用几十个生信服务，便于跨库查询、ID 映射、通路与序列分析以及复合物检索，适用于整合型生物数据流程。
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BRENDA 酶数据库查询

brenda-database
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217
通过 BRENDA SOAP 接口获取酶的动力学参数、反应方程、底物特异性及环境条件，为生物化学研究、代谢通路构建与酶工程优化提供数据支撑。
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CELLxGENE普查查询助手

cellxgene-census
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274
通过程序化接口访问CZ CELLxGENE 61M+细胞数据，按组织、疾病及细胞类型查询表达、元数据、嵌入与统计，便于与scanpy或模型流程结合开展大规模分析。
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ChEMBL 生物活性查询

chembl-database
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260
通过 ChEMBL Python 客户端访问化合物、靶点、活性与药物数据，按结构/性质/活性过滤，支撑抑制剂发现与 SAR 分析。
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临床决策支持文档

clinical-decision-support
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301
为医药与临床研究生成出版级临床决策支持文档，涵盖生物标志物分层队列分析、证据分级治疗建议、统计对比及符合监管要求的 LaTeX/PDF 输出。
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临床试验数据库查询

clinicaltrials-database
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324
通过 ClinicalTrials.gov API v2 按疾病、药物、地点、赞助商或状态查询试验，按 NCT 编号提取详细数据并导出用于研究分析、患者匹配或试验监控。
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ClinPGx 药物基因组数据库

clinpgx-database
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通过 ClinPGx REST API 查询基因-药物关系、CPIC/DPWG/FDA 指南、等位基因功能与频率等临床药物基因组数据，支持个体化用药与临床决策。
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ClinVar 变异临床意义查询

clinvar-database
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442
查询ClinVar数据库以获取变异临床意义，通过网页/API访问、FTP批量下载并注释VCF，辅助基因组医学解读。
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