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生物信息服务Python接口

bioservices
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
385
通过 Python 访问 UniProt、KEGG、ChEMBL、Reactome、QuickGO、UniChem 等生物信息服务的客户端，支持跨库蛋白质注释、通路检索、化合物标识映射与整合分析。
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AI智能体自进化引擎

capability-evolver
EvoMap/evolver
464
Evolver是一款为AI智能体设计的自进化引擎。它能深入分析运行时的历史记录，识别性能缺陷和效率低点，并自主编写和应用改进方案。其架构通过本地代理信箱（Proxy Mailbox）与EvoMap Hub进行安全通信，适用于构建高度自适应、持续迭代的智能系统。
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CELLxGENE 单细胞普查数据查询

cellxgene-census
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
353
通过编程查询 CZ CELLxGENE Census 中版本化的公共单细胞与空间转录组数据，支持获取大规模细胞元数据、基因表达切片、统计摘要、源 H5AD 链接、嵌入及跨物种参考图谱比较，适用于群体级跨数据集分析。
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Cirq 量子计算框架

cirq
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
110
Cirq 是 Google 开源的量子计算框架，用于设计、模拟和运行量子电路。支持 NISQ 电路、噪声建模及与 Google 量子 AI 等硬件集成。适用于基于 Python 的量子电路开发与优化。
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学术引用管理

citation-management
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
436
面向学术研究的引用管理工具：可在 OpenAlex、PubMed 与 Google Scholar 中检索文献，从 CrossRef、PubMed、arXiv 提取准确元数据，校验引用信息并生成规范格式的 BibTeX 条目，适用于论文与学位论文的参考文献整理。
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临床决策支持研究评估

clinical-decision-support
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
354
本技能用于准备和验证仅限研究的临床决策支持评估、证据档案、队列表及生存分析计划等工件。它支持聚合或合成研究文档及可追溯性，排除患者护理和实时临床操作，专注于治理、隐私和统计评估，供合格人类审查。
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临床报告起草与检查

clinical-reports
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
346
为临床病例、诊断、试验、安全及汇总研究报告创建安全限定的草稿结构，并运行本地确定性检查。仅限使用合成、去标识化或汇总输入及已验证的来源事实清单；所有输出均需合格审查。
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COBRApy代谢建模分析

cobrapy
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
474
基于COBRApy进行约束性代谢网络建模，支持FBA、pFBA、FVA、基因敲除、通量采样、培养基设计、生产包络、缺口填充与SBML模型验证，适用于系统生物学与代谢工程研究。
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多视角意识议会决策辅助

consciousness-council
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
459
通过模拟多种思维原型的议会讨论，帮助分析决策难题、研究取舍与创意挑战。将事实、假设与价值判断分开呈现，最终综合出有条件的建议与待解决问题。
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上下文模式工程洞察面板

ctx-insight
mksglu/context-mode
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本工具可打开上下文模式的洞察仪表盘，为AI辅助工程团队提供中央分析层。用户可以查看每位工程师的生产力速率、识别重复尝试浪费、检测项目阻碍点，并获取按角色划分的详细性能视图。它是团队性能监控和登录信息的单一信息源。
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Dask 并行分布式计算库

dask
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
299
Dask 是一个用于并行和分布式计算的 Python 库，能够扩展 pandas 和 NumPy 工作流以处理超出内存限制的数据。它支持 DataFrame、数组和 Bag 组件，适用于单机或集群上的大规模数据处理、科学计算及并行任务调度，特别适合内存不足或需要分布式执行场景。
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Datamol 化学信息学工具包

datamol
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
128
基于 RDKit 的 Python 化学信息学封装库，提供分子格式转换、结构标准化、描述符与指纹计算、聚类与多样性筛选、3D 构象生成等药物发现工作流，支持并行批处理，返回原生 RDKit Mol 对象。
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