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自主深度研究与报告生成

deep-dive
rohitg00/awesome-claude-code-toolkit
299
这是一个自主的深度研究系统，能够利用有向无环图（DAG）对复杂问题进行规划。它能并行执行多个子问题，进行知识空白分析和迭代，最终综合所有发现，生成结构化、全面的研究报告。适用于深度市场调研、学术文献回顾或需要多源数据支持的复杂问题分析。
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DeepChem 分子性质预测

deepchem
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
453
使用 DeepChem 构建分子性质预测与 MoleculeNet 工作流，涵盖 SMILES/图特征化、骨架或分组划分、掩码标签、图模型与预训练编码器迁移，适用于 ADMET、毒性与溶解度等化学机器学习任务。
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NGS数据分析工具包

deeptools
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
157
用于高通量测序数据分析的Python命令行工具包，支持ChIP-seq、RNA-seq和ATAC-seq等实验。提供质量控制、数据标准化、样本比较和高质量基因组可视化功能，包括bigWig转换和热图分析。
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DepMap 癌症依赖性分析

depmap
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
478
获取并分析癌症依赖图谱（DepMap）发布数据，涵盖 CRISPR 基因效应、模型注释、组学标志物与 PRISM 药物敏感性，用于癌症选择性依赖、共必需性及候选合成致死分析。
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DHDNA 文本模式分析器

dhdna-profiler
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84
应用 DHDNA 框架分析文本中的推理和写作模式。提供认知风格反思和思维模式档案的评分标准，不验证心理特征。用于评估分析深度、伦理推理等十二个维度的文本证据。
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DiffDock蛋白配体对接

diffdock
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
242
使用 DiffDock 和 DiffDock-L 预测蛋白质与小分子的结合构象，支持 PDB 或序列输入加 SMILES/SDF/MOL2，涵盖批量对接、构象筛选与置信度解读，不用于结合亲和力预测。
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DNAnexus 集成

dnanexus-integration
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使用 dx CLI 和 dxpy SDK 在 DNAnexus 上构建和运行可复现的基因组工作负载。支持数据转移、执行监控、工作流导入和项目自动化，包含安全认证和合规控制，适用于受监管数据处理。
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ESM 蛋白质生成 SDK

esm
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Biohub ESM SDK 用于蛋白质生成、ESMC 嵌入和 ESMFold2 全原子折叠。支持本地模型推理和托管客户端，用于蛋白质序列补全、结构预测和嵌入提取。需要 Python 3.12+ 和隔离环境配置。
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ETE 4 系统发育树分析工具

etetoolkit
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分析、操作、比较和可视化系统发育树或层次树。支持Newick/Nexus输入输出、拓扑编辑、Robinson-Foulds比较、基因树进化事件分析、NCBI/GTDB分类学查询和出版渲染。适用于对齐和推断后已有的树，不用于从原始序列推断。
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探索性数据分析

exploratory-data-analysis
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对明确支持的本地科学数据文件执行有界探索性分析，包括 CSV/TSV/JSON 概况、可选的 NumPy、HDF5、FASTA/FASTQ 与图像元数据检查、缺失/泄漏审计及 EDA 报告模板。
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FlowIO 流式细胞术文件读写

flowio
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使用 FlowIO 读取、检查和写入流式细胞术标准（FCS）2.0、3.0 和 3.1 文件。可提取 HEADER、TEXT、ANALYSIS 及通道元数据，将事件数据导出为 NumPy 数组，处理多数据集旧版文件，并生成 FCS 3.1 list-mode 文件。补偿、转换与门控等分析请使用 FlowKit。
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FluidSim 计算流体仿真规划

fluidsim
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规划、配置、检查、重启并分析有界的 FluidSim 计算流体力学仿真，内置数值有效性与 HPC 安全检查。涵盖求解器选择、参数审查、FFT/MPI 配置、输出诊断与重启兼容性。
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